はるか昔。地球は地球で生まれた純正の人間が生活していた。彼らは地球＝ガイアと会話することができ、特別な感性と能力を持っていた。
彼ら先人類とその末裔がＳＰＥＣホルダーたちである。
そこへ隕石として襲来した生物がいた。彼らは圧倒的な繁殖力で進化し、先人類たちを駆逐した。それが現在の人間たちである。
太古より特殊な能力を持つ人間＝ＳＰＥＣホルダーたちと、普通の人間たちとの間では争いがあった。
その都度、ガイアと先人類たちは時をリセットしてきた。そのために生み出されるのがソロモンの鍵を持つ者である。
ソロモンの鍵を持つ者は、駆逐されたＳＰＥＣホルダーたちを転生し、現人類を滅ぼすことで時をリセットしてきた−。
現代では、そもそもＳＰＥＣを持つ人間による犯罪を法律は想定していないため、特殊な組織が秘密警察としてＳＰＥＣホルダーたちと戦ってきた。それが警視庁公安部公安零課、通称：アグレッサーである。
アグレッサーでは、代々「津田助広」という人物を襲名させ、パブリックドメインとして維持してきた。
津田助広は何人も存在し、それぞれが殺されると、生きている津田助広に伝えられ、津田助広としての機能は維持される。
あるとき、記憶を操作するＳＰＥＣを持つものが津田助広として生まれ変わった。それが地居である。
地居はその能力を活かして、危険なＳＰＥＣホルダーたちを次々と消してきた。
しかし、ある少年が時間を止めるという史上最強のＳＰＥＣを持ったことを知る。その少年こそが当麻陽太であった。
地居は当麻陽太の記憶を書き換え、姉の当麻紗綾と憎しみ合うようなシナリオを思いつき、実行した。
当初はゲームとして楽しんでいた地居であったが、姉の当麻紗綾の驚異的な頭脳を観察しているうちに、紗綾を自分のものにしたいという欲望が芽生えた。
そこで、恋敵として瀬文を紗綾と同じ未詳に配置させ、紗綾を自分のものにしようとした。
史上最強のＳＰＥＣを持つ当麻陽太はニノマエとして姉の紗綾と戦い、紗綾はニノマエを追いつめた。
ゲームを楽しんだ地居は紗綾や瀬文の記憶を書き換え、自分と結婚するよう仕向けたが、記憶は消しきれなかった。
真の黒幕が地居であったことを知った当麻や瀬文は地居と対決し、勝利する。
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